Pour les interventions pratiquées sur une oreille totalement sourde, la question ne se pose pas. En revanche, lorsque l’on opère une oreille possédant encore des « restes » d’audition, il est important de noter que dans la plupart des cas, l’implantation détruit ces restes : l’intrusion du faisceau d’électrodes dans la cochlée provoque le plus souvent la destruction du restes des cellules ciliées. Le choix de l’oreille à implanter revêt donc, dans certains cas, une grande importance. Le chirurgien, au vu de tous les examens effectués, guide le patient vers le meilleur choix. (voir la rubrique : le choix de l’oreille à implanter).
La recherche des Implants Cochléaire tend à pouvoir maintenir justement les reste auditifs de l’oreille implantée. Dans le futur, il sera possible d’avoir un Implant Cochléaire et un appareil auditif sur la même oreille.